Корабль Космический Пендрагон по заданию штаба ZAP отправляется на планету Болис, чтобы выяснить, что стало с людьми на исследовательской станции Болиса, так как связь с ними по неизвестным причинам была потеряна. Однако при входе в атмосферу Пендрагон получает серьёзные повреждения, и едва не разбивается. Пока инженер Кумано пытается его починить, капитан Хюга вместе с пилотом Харуной и ещё одним членом экипажа Оки, помешанном на гигантских монстрах, отправляются на поиски выживших. Но находят они лишь руины. А вместе с ними и ужасных огромных чудовищ, крушащих всё на своём пути. И тогда из ниоткуда появляется странный парень Рей, не помнящий ничего о своём прошлом, вместе с доисторическим ящером…
В один прекрасный день жизнь спасателя Комона Кадзуки переворачивается с ног на голову. Неожиданно его переводят в секретный отряд Ночных Налётчиков, чья работа - уничтожать угрожающих людям тварей, прилетевших из космоса. Инопланетные монстры, секретная организация и появляющийся из ниоткуда серебряный гигант Ультрамэн - казалось бы, сюжет как на ладони. Однако это гораздо более тёмная и запутанная история, чем может показаться на первый взгляд.